De stichting heeft de volgende fondsen in beheer:
- Fonds Albert van Adelsbergen
- Fonds Christina
- Fonds Droppers
- Fonds van de Heide
- Fonds Huistra
- Fonds IER Brazilië
- Fonds Iran Jaya
- Fonds Kees Reijnierse
- Fonds Kehidupan Baru
- Fonds Leerlingen der Volken
- Lijdensche Fonds
- Onderstandsfonds GPM
- Fonds RAAL Griya Asih
- Fonds Reguleth
- K.A. Rigters Fonds
- Fonds Swart/Mettengang
- Fonds Visser/Logterman
- Fonds Vrouwen Papoea
- ZWO projecten wereldwijd